Teknokent kazanç istisnasının doğru hesaplanması, proje gelir ve maliyetlerinin muhasebede ne ölçüde izlenebildiğine bağlıdır. Projelerin aynı hesaplarda toplandığı, istisna kapsamındaki faaliyetlerle diğer işlerin maliyetlerinin ayrılmadığı bir yapıda, beyanname aşamasında yapılacak hesaplamanın dayanakları zayıflar.

Kurumlar Vergisi Genel Tebliği’nin 5.12.2.4 bölümü, istisna kapsamındaki ve kapsam dışındaki hasılat, maliyet ve giderlerin ayrı ayrı izlenmesini öngörür. İstisna kapsamındaki faaliyetlere ait gelir ve giderlerin diğer faaliyetlerle ilişkilendirilmemesi gerekir. Bu ayrımın sağlanabilmesi için muhasebe düzeninin, projenin başlangıcından itibaren gelir ve maliyet hareketlerini takip etmeye elverişli olması önemlidir.

Birden fazla faaliyette ortak kaynak kullanılması, gider dağıtımını istisna hesabının önemli bir parçası haline getirir. Tebliğin 5.12.2.5 bölümüne göre müşterek genel giderler, ilgili faaliyetlerin cari yılda oluşan maliyetleri esas alınarak dağıtılır. Ortak kullanılan sabit kıymetlerin amortismanları ise her bir faaliyetteki kullanım sürelerine göre paylaştırılır. Dolayısıyla giderin muhasebeleştirilmiş olması yeterli olmaz; hangi faaliyete, hangi ölçüte göre yüklendiğinin de açıklanabilmesi gerekir.

Proje bazlı takip dönem içinde yapılmadığında, yıl sonundaki hesaplama geriye dönük dağıtımlara ve varsayımlara dayanır. Düzenli bir takip sistemi ise maliyetlerin oluştuğu dönemde ilgili projeyle eşleştirilmesini sağlar. Teknokent muhasebesinin, beyanname hazırlığına bırakılmadan proje süreciyle birlikte yürütülmesi bu nedenle önem taşır.