Bir yazılım şirketinin kendi adına geliştirerek farklı müşterilere lisansladığı ürün ile sipariş üzerine geliştirdiği yazılım, hak sahipliği bakımından farklı hukuki ve mali sonuçlar doğurabilir. Müşteriye özel projelerde öncelikle, proje sonunda ortaya çıkan gayrimaddi hakların hangi tarafa ait olduğunun belirlenmesi gerekir.

1 Seri No.lu Kurumlar Vergisi Genel Tebliği’nin 5.12.2.10.1 bölümünde, sipariş üzerine yürütülen ve doğabilecek bütün gayrimaddi hakların sözleşme hükümleri uyarınca siparişi verene ait olduğu işler, sipariş usulü proje olarak tanımlanır. Bu nedenle yazılımın belirli bir müşteri için geliştirilmesi, projenin bu kapsamda kabul edilmesi için tek başına yeterli değildir. Sözleşmedeki hak sahipliği hükümleri ve geliştirici şirketin teslim sonrasında bu haklar üzerindeki tasarruf yetkisi incelenmelidir.

Hak sahipliğine ilişkin düzenleme, projenin muhasebeleştirilmesi ve bilançoya yansımasıyla birlikte değerlendirilmelidir. Sözleşmede öngörülen hukuki yapı ile teslim biçiminin, teknik proje belgelerinin ve muhasebe kayıtlarının birbiriyle uyumlu olması gerekir. Teknik dokümanlarda yer alan açıklamalarla sözleşmedeki hak sahipliği hükümlerinin çelişmesi, istisna uygulamasının dayanağını da tartışmalı hale getirebilir.